Changer l'état des paquets de la façon décrite dans la section précédente n'affecte pas réellement ce qui est installé sur votre système. De cette manière vous pouvez ajuster l'état des paquets sans affecter votre système jusqu'à ce que vous soyez satisfait. Une fois que vous l'êtes, vous pouvez les « appliquer » pour vraiment installer et supprimer les paquets^[8].

Pour appliquer vos changements, utilisez la commande Actions → Installer/enlever des paquets (g). Sélectionner cette commande va afficher un aperçu décrivant les changements qui seront effectués. Cet écran n'est qu'une liste de paquets et vous pouvez manipuler les paquets (par exemple, annuler des suppressions non désirées) de la même manière que vous le feriez dans la liste principale.

Quand vous êtes prêt, utilisez Vues → Fermer (q) pour annuler l'installation ou Actions → Installer/enlever des paquets (g) pour la lancer. aptitude téléchargera tous les fichiers nécessaires, puis vous demandera s'il faut continuer le processus. Si vous validez par « Continuer », les installations et suppressions vont débuter.

Les paquets qui sont téléchargés par aptitude sont placés dans un répertoire de cache (habituellement /var/cache/apt/archives). Normalement, ils y sont laissés à l'infini. Pour supprimer tous les fichiers de ce répertoire, utilisez Actions → Nettoyer le cache des paquets, pour ne supprimer que les fichiers qui ne peuvent plus être téléchargés (c'est-à-dire les paquets obsolètes), utilisez Actions → Enlever les fichiers périmés.