Khái niệm quan trọng nhất cần hiểu được là hệ thống gói Debian. Về cơ bản thì nhiều phần lớn của hệ thống được điều khiển bởi hệ thống quản lý gói này. Những phần này bao gồm:

Lấy thí dụ, nếu bạn thay thế thư mục /usr/bin/perl, lần kế tiếp nâng cấp gói perl sẽ ghi đè lên thư mục đó. Nhà chuyên môn có thể khắc phục trường hợp này bằng cách lập một số gói thành “giữ lại” trong chương trình aptitude.

One of the best installation methods is apt. You can use the command line version of apt as well as tools like aptitude or synaptic (which are just graphical frontends for apt). Note that apt will also let you merge main, contrib, non-free, and non-free-firmware so you can have restricted packages (strictly speaking not belonging to Debian) as well as packages from Debian GNU/Linux at the same time.

Bản cài đặt Debian mặc định chưa cho phép những kho lưu phần mềm chính thức và không chính thức. Nhiều người tìm thấy trong những kho lưu này phần mềm quan trọng và họ muốn có. CÓ thể tìm thông tin về các kho lưu thêm này tại trang Wiki Debian tựa đề Phần mềm Hiện có cho Bản phát hành Ổn định của Debian.

Phiên bản ứng dụng khác nhau được quản lý bởi « update-alternatives ». Nếu bạn có bảo tồn đồng thời nhiều phiên bản khác nhau của cùng một ứng dụng, xem trang hướng dẫn cho chương trình này, bằng lệnh: « man update-alternatives ».

Công việc nào nằm trong phạm vị hoạt động của quản trị hệ thống nên được ghi vào thư mục /etc, vì chúng là tập tin cấu hình. Nếu bạn tạo công việc định kỳ (cron) với quyền người chủ (root) cần chạy hàng ngày (daily), hàng tuần (weekly) hay hàng tháng (monthly), hãy chèn chúng vào /etc/cron.{daily,weekly,monthly}. Những công việc này được gọi từ /etc/crontab: chúng sẽ chạy theo thứ tự abc, mà sắp xếp chúng.

Mặt khác, nếu bạn tạo một công việc định kỳ (cron job):

bạn vẫn có khả năng sử dụng hoặc /etc/crontab, hoặc còn tốt hơn, /etc/cron.d/cái_nào. Những tập tin riêng này cũng có một trường thêm cho phép bạn qui định tài khoản người dùng dưới đó công việc định kỳ sẽ chạy.

Trong mỗi trường hợp, bạn chỉ hiệu chỉnh những tập tin đó, rồi chương trình cron sẽ nhận biết chúng một cách tự động. Không cần chạy lệnh đặc biệt nào. Để tìm thông tin thêm, xem hai trang hướng dẫn cron(8) và crontab(5), và tập tin Đọc Đi /usr/share/doc/cron/README.Debian.